Gesa Krueger, Masterstudentin am Institut für Immunologie, Januar 2022 - September 2022
Nach vorbereiteten Arbeiten während meines Praktikums am FLI, konnte ich die Experimente für meine Masterarbeit mit dem Titel ‚Establishment and characterisation of an in vitro 3D model for bovine tuberculous granulomas‘ am Institut für Immunologie unter der Betreuung von Prof. Anca Dorhoi fortführen.
Während der Optimierung des Arbeitsablaufes zur Herstellung der in vitro Granulomstrukturen, untersuchte ich den Einfluss der magnetischen Nanopartikel und des magnetischen Felds auf die in vitro differenzierten Rinder-Makrophagen im 3D-Zellkulturmodell. Mit Hilfe von Dr. Kati Franzke konnte ich elektronenmikroskopische Aufnahmen der Makrophagen machen und erkennen, dass die Nanopartikel von den Makrophagen aufgenommen werden. Des Weiteren konnte ich beispielsweise herausarbeiten, dass spezifische Zelltransformationen in dem Granulommodell nachgestellt werden können. Zur Charakterisierung der in vitro Granulome hatte ich die Möglichkeit, eine ganze Bandbreite an Methoden anzuwenden. So habe ich beispielsweise viel Zeit an dem High-Content-Imaging Mikroskop verbracht, um mit dem Konfokalmodul die dreidimensionale Beschaffenheit der in vitro Granulom-ähnlichen Strukturen darzustellen und gleichzeitig Parameter wie Viabilität der Zellen zu erfassen (Abb. 1).
Ein besonderer Dank gilt Prof. Anca Dorhoi für die Bereitstellung des Projekts und die sehr gute Betreuung. Ich konnte in meiner Zeit am FLI viel über Tuberkulose und moderne Labortechniken lernen. Hiermit möchte ich mich auch bei meinen Laborkolleginnen und -kollegen Ulrike Zedler und Gaby Stooß sowie Shah Faisal für die immer gute Stimmung und fortwährende Unterstützung bedanken. Besonders erwähnen möchte ich auch Bärbel Hammerschmidt und alle Tierpfleger ohne die diese Arbeit nicht möglich wäre.
Zusätzlich möchte ich mich recht herzlich bei dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts für die finanzielle Unterstützung bei den Fahrtkosten bedanken.
Gesa Krueger
Cedric Rajes, Praktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie, Oktober – Dezember 2022
Im Zuge meines Masterstudiums der Biochemie an der Universität Regensburg hat es mich von den Bergen Bayerns an die Küste der Ostsee auf die Insel Riems, genauer ans Friedrich-Loeffler-Institut, verschlagen. Dort durfte ich ein 11-wöchiges Forschungspraktikum im Labor von PD Dr. Thomas Hoenen im Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie (IMVZ) absolvieren.
Im Labor von PD Dr. Thomas Hoenen wird hauptsächlich an Filoviren geforscht, allerdings auch an Arenaviren wie dem Lassa Virus (LASV), an welchem ich forschen durfte. Dabei wurde ich von Dr. Lisa Wendt sehr gut in das Thema eingearbeitet, bei welchem es sich um die genauere Untersuchung des LASV Z Proteins handelte. Das relativ kleine Z Protein weißt an mehreren Stellen Aminosäuren auf, welche innerhalb der Arenaviren konserviert zu sein scheinen. Die Frage war nun, aus welchem Grund die jeweiligen Aminosäuren konserviert sind, welche Rolle sie also innerhalb des viralen Lebenszyklus und bei Funktionalität von Z einnehmen. Bekannt war unter anderem bereits die Stelle G2, welche myristoyliert wird und damit als Membrananker während des Buddings essentiell wichtig ist für die Lokalisierung von Z in der viralen Membran. Des Weiteren lag der der Fokus auf der Funktion der konservierten Aminosäuren bei der Interaktion von Z mit dem viralen Nucleoprotein NP.
Bei der Bearbeitung der Fragestellung konnte ich meine Erfahrungen beim Arbeiten in der Zellkultur vertiefen und verschiedene Zelllinien kennen lernen. Außerdem wurden mir Klonierungsstrategien, sowie der für mich neue transcription and replication VLP (trVLP) Assay beigebracht. Gezielte Proteinexpression in Verbindung mit Western Blots standen ebenfalls an der Tagesordnung, wodurch ich auch diese, im Labor schon fast routinemäßigen, Methoden noch einmal genauer lernen konnte. Da einige Ergebnisse nicht so ausfielen wie erhofft, konnte ich außerdem lernen, wie effizientes Troubleshooting von statten geht, was mir für meine Masterarbeit gewiss von Vorteil sein wird. Besonders spannend wurde es dann allerdings, als es zum ersten Mal an die Ultrazentrifuge ging. Unterschichten der Proben mit Sucrose und das haargenaue Austarieren der einzelnen Röhrchen zueinander waren etwas gänzlich Neues für mich und das Arbeiten an einer Zentrifuge mit so viel Kraft sowieso. Es war wirklich aufregend damit zu arbeiten.
Allgemein hat mir die Arbeit im Labor einfach extrem viel Spaß gemacht und hat mich vor meiner anstehenden Masterarbeit noch einmal mit einer extra Portion Forschungsdrang versehen. Daher möchte ich an dieser Stelle natürlich zu aller erst PD Dr. Thomas Hoenen danken, dass er dieses tolle Praktikum überhaupt erst möglich gemacht hat. Darüber hinaus möchte ich Dr. Lisa Wendt danken, welche mich sehr gut betreut hat und mir immer mit Rat und Tat zur Seite stand. Außerdem möchte ich Dr. Bianca Bodmer, Stephanie Römer und Christoph Keisler einen großen Dank aussprechen. Es ist schön in einem harmonischen Team zu forschen in dem man Spaß haben aber auch von jedem jeden Tag viel lernen kann.
Abschließend noch ein Dankeschön an den Förderverein bei der Unterstützung der Mietkosten. In Zeiten von explodierenden Gas- und Strompreisen eine echte Hilfe.
Jessica Wagner, Praktikum in der Abteilung für experimentelle Tierhaltung und Biosicherheit, Oktober 2022
Zu meiner Person: mein Name ist Jessica Wagner und ich studiere in Berlin im 9.Semester Tiermedizin und habe im Rahmen des praktischen Jahres 3 Wochen am Friedrich-Loeffler-Institut im Labor für Pathologie mein Praktikum absolviert.
Aufgrund eines Gastvortrages von Frau Dr. Breithaupt an meiner Universität hatte ich mich entschieden, ein Praktikum in ihrer Abteilung zu machen und habe dann nach einigen E-Mails mit ihr einen Praktikumsplatz in der Pathologie bekommen.
Am ersten Tag gab es eine kleine Führung durch verschiedene Bereiche des Friedrich-Loeffler-Instituts und im Anschluss bekam ich eine Übersicht der verschiedenen Aufgaben, die mich die nächsten drei Wochen erwarteten.
In dieser Zeit habe ich in alle Bereiche der Pathologie hineinschnuppern dürfen. So habe ich zum Beispiel bei der Sektion einer Ziege geholfen, histologische Schnitte für eine Mäuse-Studie angefertigt und ausgewertet und ein Review ausgearbeitet. Insbesondere hat es mich gefreut, dass ich in alle Arbeitsschritte grundlegend eingebunden worden bin und eigenständig arbeiten konnte. Bei Unklarheiten oder Wissenslücken wurde ich sehr gut von Frau Dr. Breithaupt und meinen Kollegen unterstützt und mir wurde alles gründlich erklärt, sodass ich mich schnell willkommen und wohl fühlte.
Alles in allem habe ich reichlich dazu gelernt und meine Zeit am Institut sehr genossen. Auch bin ich außerordentlich dankbar dafür, einen Einblick in das Leben einer Pathologin am FLI bekommen zu haben. Ein Praktikum am Friedrich-Loeffler-Institut kann ich jeder/m nur empfehlen!
Justina Rath, Wahlpflichtpraktikum „Arbeitsmethoden der Molekularen und Klinischen Virologie“, Oktober 2022
Im Rahmen des Masterstudiums Humanbiologie der Universität Greifswald ist im Vertiefungsmodul Virologie ein zweiwöchiges Praktikum vorgesehen, welches normalerweise im Schulungslabor des FLI mit allen Teilnehmenden des Moduls durchgeführt wird. Aufgrund der erhöhten Anzahl Teilnehmender hatte ich dieses Jahr die Möglichkeit, dieses Pflichtpraktikum im Labor für Arenavirusbiologie unter der Leitung von PD Dr. Groseth zu absolvieren.
Das Labor nimmt regelmäßig an Ringversuchen teil, in denen es gilt, aus unbekannten Proben Arenavirus-Spezies zu identifizieren. Bisher wurde dies stets einwandfrei durch die etablierte Endpoint-PCR durchgeführt. Um jedoch eine höhere Sensitivität zu erreichen, versuchte ich, die Diagnostik auf eine quantitative PCR (qPCR) umzustellen. Nach erfolgreichen Vorversuchen konnte ich schließlich Referenzproben mittels qPCR nachweisen. Im weiteren Verlauf gelang es mir, auch die Detektionsgrenzen einzelner Assays zu bestimmen.
Ich bedanke mich bei PD Dr. Groseth und dem gesamten Labor für Arenavirusbiologie für die sehr gute Betreuung und Unterstützung bei allen theoretischen und technischen Fragen. Darüber hinaus danke ich dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts für die Übernahme der Fahrtkosten.
Mit freundlichen Grüßen,
Justina Rath
Hauke Schröder, Praktikum am Institut für Epidemiologie, August - Oktober 2022
Im Rahmen meines Studiums der Informatik an der Hochschule Emden-Leer habe ich von August bis Oktober 2022 ein zwölfwöchiges Pflichtpraktikum am Institut für Epidemiologie absolviert.
Mein Praktikum startete mit einer soliden theoretischen Einarbeitung in maschinelles Lernen. Dabei konnte ich meine Kenntnisse in den verschiedenen Teilbereichen (überwachtes Lernen, unüberwachtes Lernen und bestärkendes Lernen) vertiefen. Ein besonderes Augenmerk lag dabei auf unüberwachtem Lernen, konkret künstlichen neuronalen Netzwerken, um mich auf die Arbeit mit dem Algorithmus YOLO (You Only Look Once) vorzubereiten.
YOLO ist ein Algorithmus zur Objekterkennung, damit dieser Algorithmus selbstständig Objekte identifizieren kann, war es meine Aufgabe diesen zu trainieren. Das Ziel war es, dass YOLO den Verwesungszustand von Wildschweinkadavern erkennen sollte. Zunächst musste dazu ein entsprechender Satz an Trainingsdaten erstellt werden. In diesem werden in Bildern die Objekte markiert und mit einer Klasse versehen, für diesen Schritt habe ich das Tool Labelimg verwendet. Anhand dieses Trainingsdatensatzes erstellt der Algorithmus eigene Regeln, um nicht annotierte Bilder einer Klasse zuordnen zu können.
Darüber hinaus wurde mir die Möglichkeit gegeben mir die Programmiersprache R anzueignen. Im Zuge dieser Einarbeitung konnte ich mir Kenntnisse für die Arbeit mit geographischen Daten und Analysen aneignen sowie Cluster- und Zeitreihenanalysen.
Ich möchte an dieser Stelle meinen Betreuern Dr. Hartmut Lentz und Dr. Jörn Gethmann danken sowie allen weiteren Mitgliedern des Instituts für Epidemiologie für die freundliche Aufnahme und fachliche Anleitung.
Ein besonderer Dank gilt dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts für die Übernahme eines Teils meiner Wohnkosten.
Maren Wieja, Praktikum am Institut für Immunologie, August - Oktober 2022
Im Rahmen meines Masterstudiums der Humanbiologie an der Universität Marburg hat es mich für ein Praxismodul auf die Insel Riems verschlagen. Während meines 9-wöchigen Praktikums am Institut für Immunologie hatte ich die Möglichkeit mich im Labor für antivirale Immunität mit der Herstellung und Charakterisierung von ORFV-Rekombinanten, die immunogene Strukturproteine des FMD-Virus exprimieren, zu beschäftigen. Neben der Analyse der Expression des Vorläuferproteins der viralen Strukturproteine ging es in Co-Infektionen auch darum die Prozessierung des Vorläuferproteins durch die ebenfalls auf einem viralen Vektor codierte FMDV-Protease zu zeigen.
Ein besonderes Dankeschön an Dr. Christine Luttermann und ihre Arbeitsgruppe, die mich herzlich aufgenommen und über die Zeit betreut haben. Ebenso möchte ich mich beim Förderverein des FLI bedanken, der das Praktikum finanziell unterstützt hat.
Sebastian Reißel, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, September/Oktober 2022
Im Laufe meines Bachelorstudiengangs Biologie an der Universität Greifswald habe ich mich für das Spezialmodul „Berufspraktikum“ entschieden, welches ich am Friedrich-Loeffler-Institut auf der Insel Riems absolvieren durfte.
In meinem einmonatigem Wahlpflichtpraktikum im Labor von Frau Dr. Kore Schlottau hatte ich nicht nur vielseitige Einblicke in die unterschiedlichsten Projekte erhalten, sondern durfte auch tatkräftig und selbstständig molekularbiologische Methoden anwenden. Während dieser Zeit lernte ich viel über verschiedenste Viren, wie zum Beispiel Rubella-, Rustrela-, Vesikuläre Stomatitis- und Nidoviren. Methodisch bestand meine Hauptaufgabe in der Aufreinigung von Proteinen (Antikörper) und Nukleinsäuren (DNA / RNA), sowie der Sequenzierung der gewonnen DNA aus zuvor transformierten Bakterien. Zudem lernte ich mir zuvor unbekannten Methoden, wie beispielsweise die Behandlung und Anzucht unterschiedlicher Zelltypen oder die virale Titration, kennen.
Ich möchte mich besonders bei Gabriela Adam, Franziska Sick und Sophie-Celine Weinert für meine tägliche und stehts lustige Betreuung bedanken. Des Weiteren möchte ich mich bei Frau Dr. Kore Schlottau für die Möglichkeit, mein Berufspraktikum in Ihrem Labor durchführen zu dürfen, bedanken.
Ein herzliches Dankeschön auch an den Förderverein des FLIs für die finanzielle Unterstützung bei den Fahrtkosten.
Madita Kudla, Praktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie, September/Oktober 2022
Bereits während meines Bachelorstudiums wurde mein Interesse für die Virologie geweckt und immer weiter vertieft, sodass ich mich ohne zu zögern in meinem Masterstudium der Humanbiologie an der Universität Greifswald für Virologie als Hauptfach entschied. Daher freute ich mich umso mehr, dass ich in diesem Rahmen ein 5-wöchiges Forschungspraktikum im Labor von Prof. Dr. Stefan Finke am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie absolvieren durfte.
Der thematische Schwerpunkt meines Praktikums bestand in der Frage, wie der selektive Transport des Glykoproteins von Tollwutviren zur postsynaptischen Membran infizierter Neuronen erfolgt. Im Zuge von Bindungsvorhersagen waren bereits drei zelluläre Proteine als mögliche Interaktionspartner des Glykoproteins ausgewählt worden, die an der Organisation von Proteinen an eben jener Membran beteiligt sind. Als Grundlage der Interaktion zwischen dem viralen und den zellulären Proteinen wurden PDZ-Domänen angenommen, die typische interaktionsvermittelnde Domänen darstellen. Meine Aufgabe lag nun darin, die Beeinflussung der Lokalisation des Glykoproteins in Abhängigkeit von der Expression der zellulären Kandidaten zu untersuchen.
Im Rahmen dieser Fragestellung konnte ich nicht nur meine Fähigkeiten bei Klonierungen vertiefen, sondern weiterhin Erfahrungen in der Zellkultur sowie bei der gezielten (Co‑)Expression von Proteinen sammeln. Darüber hinaus hatte ich die Möglichkeit, viele neue Methoden wie die Immunfluoreszenz zu erlernen und sogar ein eigenes Infektionsexperiment mit einem Impfstoffvirus durchzuführen, bei dem das Gen für das Glykoprotein deletiert worden war. Besonders Spaß hat mir die Arbeit am konfokalen Laserscanning-Mikroskop gemacht, wobei die Stunden des Imagings wie im Fluge vergangen sind.
Ich möchte mich hiermit ganz herzlich bei Prof. Dr. Stefan Finke für seine tolle Betreuung und seine Unterstützung bedanken, vor allem wenn zwischendurch Troubleshooting und das Überarbeiten der Strategie des Projektes anstand. Ein großes Dankeschön möchte ich darüber hinaus an die gesamte Arbeitsgruppe richten, besonders an Angela Hillner, Henriette Schwotzer und Ola Bagato für die tolle Einarbeitung im Labor und in die Methoden, aber auch für die vielen Einblicke in die Forschung außerhalb meines Projektes.
Weiterhin bedanke ich mich sehr bei den Mitgliedern des Fördervereins des FLIs für die finanzielle Unterstützung bei den Fahrtkosten, die es mir trotz der leider sehr hohen Spritpreise ermöglicht haben, jeden Tag auf die Insel kommen zu können.
Constantin Klein, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, September/Oktober 2022
Gegenwärtig befinde ich mich im 5. Semester meines Bachelorstudiums der Biologie an der Universität Greifswald. Während meines Studiums entwickelte ich ein besonderes Interesse in den Bereichen der Molekularbiologie und Virologie. Aus diesem Grund wollte ich unumgänglich die Chance nutzen, ein vierwöchiges Berufspraktikum am Friedrich-Loeffler-Institut Riems in der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Beer zu absolvieren.
Am ersten Tag wurde ich freundlich von PD Dr. Kerstin Wernike empfangen, erhielt zunächst eine generelle Belehrung und wurde anschließend mit der entsprechenden Sicherheitsbekleidung ausgestattet. Im Labor traf ich Doreen Schulz, welche mir bei den praktischen Arbeiten des Praktikums über die Schulter schaute. Nach einer sehr kompetenten theoretischen Einführung konnte ich aufgrund meiner bereits erworbenen Erfahrungen ohne Umschweife mit den praktische Arbeiten im Labor beginnen.
Die erste Woche verbrachte ich vor allem mit zellkulturtechnischen Arbeiten an verschiedenen permanenten Zelllinien. Zudem habe ich Western-Blots mit verschiedenen Pestivirus-Proteinen durchgeführt und eignete mir dabei außerdem viele Kenntnisse bezüglich deren Auswertung an.
In der zweiten Woche meines Praktikums beschäftigte ich mich vorrangig mit der Titration von Viruskulturüberständen zur Titerbestimmung von Pestivirusstämmen. Des Weiteren habe ich über einen längeren Zeitraum mehrere Viruspassagen von mit Schmallenberg-Viren und deren Deletionsmutanten infizierten Zellen durchgeführt. Um nach jeder Passage die infizierten Zellen sichtbar zu machen, wurden die Zellen zunächst hitzefixiert und anschließend mittels Immunfluoreszenz angefärbt.
Ab der dritten Woche meines Praktikums widmete ich mich im Wesentlichen einigen molekularbiologischen Methoden. So habe ich zusammen mit Frau Schulz mehrere Transformationen in E. coli-Zellen durchgeführt, um die Chimären von mehreren Pestiviren in die Bakterien einzubringen. Die positiven Klone wurden anschließend für Mini-Preps gepickt und die DNA der Bakterien aufgereinigt. Mit dieser aufgereinigten DNA als Template habe ich PCRs zur Vorbereitung der Probensequenzierung durchgeführt. Die aufgereinigten PCR-Produkte wurden im Anschluss im Sequenzierlabor nach der Sanger-Methode sequenziert. Im Zuge der Auswertung der Sequenzierung konnte ich einen Einblick in den Umgang mit Geneious als wichtige bioinformatische Software erlangen.
In der letzten Praktikumswoche ergab sich die Möglichkeit, im Labor von Frau Dr. Wernike einige ELISAs und Surrogat-Virusneutralisationstests durchzuführen. Ich erhielt somit einen Exkurs in eine weitere Möglichkeit, abgesehen von der indirekten Immunfluoreszenz, Antikörper in Serum und Milch nachzuweisen. In diesem Zusammenhang konnte ich neues Wissen zur grafischen Darstellung meiner selbstgenerierten Daten mittels spezieller Software erwerben.
Ich möchte mich an dieser Stelle sehr herzlich bei Frau Dr. Wernike und Frau Schulz für dieses tolle Praktikum und die vielen Eindrücke und Erfahrungen die ich sammeln konnte, bedanken. Überdies möchte ich ebenso dem Förderverein des FLI danken, der mir meine Fahrkosten teilfinanziert hat.
Monique Bergmann und Hans Theodor Wieland, Praktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie, September 2022
Im Rahmen des Bachelorstudiengangs Humanbiologie durften wir unser zweiwöchiges Rotationspraktikum im Friedrich-Leoeffler-Institut auf der Insel Riems absolvieren. Während unseres Aufenthalts im Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie (IMVZ) erhielten wir verschiedene Einblicke und lernten die Arbeit im Labor kennen.
In der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Finke wird unter anderem an dem Tollwutvirus geforscht und wie sein Oberflächenprotein zur postsynaptischen Membran gelangt. Einer der ersten Aufgaben war die Herstellung von phosphatgepufferter Salzlösung. Dieser sogenannte PBS-Puffer dient zur Verdünnung immunfluoreszierender Antikörper. Weitere Aufgaben bezogen sich auf Klonierungen. Als wichtige Plasmide dienten Vektoren, in welche DNA-Stücke, sogenannte Inserts, mittels Hot Fusion eingefügt werden sollten. Sowohl zur Herstellung der Konstrukte als auch zu ihrer Überprüfung auf Korrektheit nutzten wir die PCR und die Gelelektrophorese. Das Produkt wurde anschließend in E. coli eingeschleust und daraufhin vermehrt. Um die Aufnahme der gewünschten DNA zu überprüfen, durften wir Agarplatten bestreichen und anschließend die gewachsenen Kolonien picken. Der Teil der Kolonien, der die Plasmide aufgenommen hatte, wurde weiter vermehrt und als abschließende Untersuchung sequenziert. Ein Highlight unseres Praktikums war das Durchführen einer Transfektion. Den Großteil der vorher isolierten DNA haben wir in Zellen eingebracht, mit dem Ziel, dass diese die in der DNA kodierten Proteine exprimieren. Zum Vergleich nutzten wir einen sogenannten Leervektor, bei dem die proteinkodierenden Bereiche fehlten. Im Anschluss daran folgte die Fixierung der Zellen auf einem Deckgläschen, um sie später mikroskopisch zu betrachten. Dabei war handwerkliches Geschick notwendig, wobei unsere Betreuer viel Geduld mit uns hatten. Zu den weiteren vielseitigen Aufgaben zählte unter anderem das Versorgen und Umsetzen von Zellen. Dabei haben wir uns unter dem Mikroskop die Zellkulturen angeschaut, ihr Wachstum eingeschätzt und dementsprechend die Zellen aufgeteilt sowie ein Versorgungsmedium für das optimale Wachstum hergestellt.
Ein großes Dankeschön geht an Prof. Dr. Finke, Angela Hillner, Henriette Schwotzer, Ola Bagato und Madita Kudla, die uns während unseres Praktikums helfend sowie leitend zur Seite standen und viele unserer Fragen beantwortet haben.
Vielen Dank auch an den Förderverein des FLIs für die finanzielle Unterstützung bei den Fahrtkosten.
Georg Kastner, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, August - September 2022
Als Teil meines Masterstudiums der Biomathematik an der Universität Greifswald war ich im Sommer 2022 für zwei Monate Praktikant im Labor für angewandte Bioinformatik und Sequenzierung viraler Genome und Transkriptome am Institut für Virusdiagnostik.
In dem von Herr Dr. Florian Pfaff geführten Labor erhielt ich praktische Einblicke in die Sequenzierung von Nukleinsäuren mittels der Methode nach Sanger. Außerdem hatte ich die Möglichkeit der technischen Mitarbeiterin Jenny Lorke bei der aufwendigen Herstellung und Validierung von DNA Bibliotheken für die Transkriptom-Sequenzierung über die Schultern zu schauen.
Die bioinformatische Teil des Praktikums bestand in der Erstellung einer halbautomatischen Pipeline zur Sequenzdatenauswertung im Rahmen der Subtypisierung von Pestiviren (BVDV1 und BVDV2). Dabei hat es mir großen Spaß gemacht, meine Fähigkeiten in der Programmiersprache R zu verbessern. Ich habe während des Praktikums nützliche Arbeitsabläufe zur funktionellen Annotation und phylogenetische Einordnung viraler Genome kennengelernt.
Die vielfältige Mischung aus Labor- und Programmierarbeit hat mir bei meinem zweimonatigen Aufenthalt auf Riems sehr gut gefallen und mich darin bekräftigt, mich weiterhin mit angewandter Bioinformatik beruflich zu beschäftigen.
Vielen Dank an Herr Dr. Florian Pfaff und Frau Jenny Lorke für die spannenden Einblicke, einen herzlichen Dank möchte ich auch an die PhD-Studentin Frau Paola Fruci (Universität Teramo) richten, die mir mit viel Freude Laborabläufe erklärt hat. Ebenso gilt mein Dank auch dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts, der mich finanziell unterstützt hat.
Linda Kirschmann, Praktikum am Institut für Immunologie, April - Oktober 2022
Im Rahmen meines Bachelorstudiums der Biomedizinischen Wissenschaft ist ein Praxissemester von sechs Monaten vorgesehen. Wenngleich der Fokus meines Studiums auf der Erforschung von Wechselwirkungen zwischen biologischen Systemen und Werkzeugen liegt, konnte ich nicht die Chance verpassen hier am FLI mein Praktikum durchführen zu können.
Das Friedrich-Loeffler-Institut hat mir die Möglichkeit gegeben, unter Dr. Gang Pei mein sechsmonatiges Praktikum zu absolvieren. Hier durfte ich mein eigenes Projekt durchführen. Vieles was ich aus meinem Studium in der Theorie gehört habe, während meines Aufenthalts am FLI in der Praxis durchführen, wie unter anderem biochemische Ansätze, welche Western Blot und Proteinexpression beinhalten, oder Zellkulturansätze wobei ich mit Zellen gearbeitet habe, sowieshRNA-Knockdown-generation. Ebenso durfte ich auch qPCR durchführen, um die verschiedenen Signalwege zur Expression von IFN aufzuklären.
Der Schwerpunkt meiner Aufgabe lag darin, die Mechanismen antiviraler Reaktionen zu verstehen, insbesondere wie Interferone in ägyptischen Fruchtfledermäusen reguliert werden. Da bereits Daten vorliegen die zeigen, dass sowohl Interferone-l als auch Interferone-III von ägyptischen Flughunden in Epithelzellen exprimiert werden, will man jetzt die Mechanismen verstehen. Dazu habe ich erstmal verschiedene Fledermaus-Interferone geklont, um diese dann aufreinigen zu können. Ebenso sollte ich verschiedene Gen-Knockdown-Epithelzellen erzeugen, die an der Interferon-Signalisierung beteiligt sind, um dann die Interferon-Expression in den verschiedenen Knockdown-Zellen in qPCR zu untersuchen
Ich wurde gut eingearbeitet und betreut, sodass ich nach kurzer Zeit schon selbstständig arbeiten konnte. Ich habe erfolgreich verschiedene Interferone von Typ I, II und III unter Verwendung von cDNAs der Rousettus aegyptiacus amplifizieren können und sie dann in einen eukaryotischen Expressionsvektor kloniert. Nach Bestätigung der Korrektheit dieser Sequenzen wurden Fledermaus-Interferone in HEK293T-Zellen exprimiert und ihre Expression erfolgreich durch einen Western Blot untersucht. Die weitere Protein-Reinigung funktionierte jedoch aufgrund des niedrigen Expressionsniveaus, die durch seltene DNA-Codons verursacht wurden, nicht wie geplant. Um dieses Problem zu lösen, habe ich Interferon-Sequenzen entsprechend der menschlichen Codon-Verwendung synthetisiert. Die Expression und die Protein-Aufreinigung sind noch im Gange.
Zusätzlich zur Fledermaus-Interferon-Expression habe ich versucht, Fledermaus-Interferon-Reporterzellen zu erzeugen. Diese Zellen können verwendet werden, um die Konzentration von Interferonen vom Fledermaustyp I, II und III in den Zelllysaten oder im Serum nachzuweisen.
Um schließlich den Mechanismus zu verstehen, wie Fledermaus-Interferone reguliert werden, habe ich versucht, essentielle Gene (wie z.B. RIG-I, MDA5, CGAS, Sting, IRF3) auszuschalten, die an den Interferon-Signalwegen beteiligt sind. Ich habe erfolgreich lentivirale Vektoren mit shRNAs generiert, die auf die oben genannten Gene abzielen. Weiterhin wurden Lentiviren produziert und gesammelt. Fledermausepithelzellen wurden mit diesen Lentiviren transduziert und mit Puromycin-Behandlung selektiert.
Ich habe in meiner Zeit hier viel gelernt und möchte mich herzlich bei Dr. Gang Pei, Lisa Loerzer, Silke Rehbein und Lea Lenhard bedanken für die Beantwortung meiner Fragen, die Unterstützung meiner Tätigkeiten und für das angenehme Arbeitsklima. Ebenso gilt mein Dank auch an den Förderverein, der mir mit seiner finanziellen Unterstützung sehr geholfen habt.
Linda Kirschmann
Lena Kilian, Praktikum am Institut für Epidemiologie, August - September 2022
Im Rahmen meines Studiums der Mathematischen Biometrie an der Universität Ulm habe ich im Sommer 2022 ein 8-wöchiges Praktikum am Institut für Epidemiologie absolviert.
Ich habe tiefere Einblicke in die Statistik, die Epidemiologie aber auch Grundlagen der Tiermedizin bekommen. Dank eines anderen Praktikanten, Hauke Schröder, hatte ich auch Berührung mit dem Trainieren und dem Funktionieren von Neuronalen Netzwerken.
Vor allem beim Arbeiten mit der Statistik Software R, die ich bereits im Studium kennen gelernt habe, konnte ich viele neue Fähigkeiten dazu gewinnen. Auch was konkrete Verfahren und Methoden angeht, habe ich viel Neues gelernt. Dazu gehört zum Beispiel die „Ellenbogen-Methode“ zum Bestimmen der optimalen Anzahl an Clustern oder auch der Umgang mit Koordinaten welt- bzw. deutschlandweit.
Neu für mich war auch die sinusförmige Approximation an Datenpunkte, die sich teilweise als Herausforderung darstellte. Diese Themenbereiche kamen auf, als ich mich tiefer mit dem Auftreten und der Verbreitung der Afrikanischen Schweinepest beschäftigt habe.
Auch das Teilnehmen an Institutsseminaren gewährte mir vielerlei Einblicke in diverse Themen wie Computer Vision, Partizipative Risikokartierung oder dem Zusammenhang zwischen Haustieren und der SARS-Cov-2 Pandemie.
Besonders zu erwähnen sind meine großartigen Betreuer*innen Carola Sauter-Louis und Hartmut Lentz, außerdem Jörn Gethmann, Hannes Bergmann und Anne Schütz, die mir fachlich sehr weiter geholfen haben, aber auch Nicolai Denzin, Stephan Eichenberg und Ronald Schröder aufgrund der unglaublich herzlichen Aufnahme und der tollen Atmosphäre beim Arbeiten!
Ein riesiger Dank geht auch an den Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts, der mir einen Teil der Wohnkosten erstattet hat!
Emil Oberbach und Renée Gruhn, Praktikum am Institut für Infektionsmedizin, September 2022
Abgeschieden auf einer einsamen Insel fand vom 12.09. – 23.09.2022 unser zweiwöchiges Rotationspraktikum am FLI auf Riems in den Laboren für Stechmücken-Monitoring und Vektorkapazität statt. Anders als anfänglich vermutet wurden wir nicht von Mitarbeitern in Vollschutzkleidung in Empfang genommen, sondern von der sehr freundlichen Sekretärin aus dem Institut für Infektionsmedizin.
Entsprechend der fachlichen Ausrichtung der Labore beschäftigen wir uns vorwiegend mit Stechmücken und Zecken. Wir wechselten regelmäßig zwischen beiden Laboren und bekamen so einen Überblick über grundlegende Arbeitstechniken im Labor. Dazu zählten beispielsweise das Arbeiten mit unterschiedlichen Pipettiersystemen, das Durchführen unterschiedlicher PCR-Methoden, Gelelektrophorese, Extraktion von Nukleinsäuren aus Gewebeproben, sowie die Sequenzierung. Diese Methoden wurden zur Differenzierung verschiedener Artenkomplexe, zur Bestimmung von Blutmahlwirten und Detektierung von Viren angewendet. Außerdem wurde uns das morphologische Bestimmen von blutsaugenden Arthropoden, die Stechmückenzucht und das sterile Arbeiten als Grundlage für zum Beispiel die Kultivierung von Borrelien nähergebracht.
Am Stärksten wird uns sicherlich die Arbeit im Freiland in Erinnerung bleiben, bei der sowohl Zecken unter Zuhilfenahme der Methode des Flaggens, als auch Mückenlarven mithilfe des Dippens gesammelt wurden.
Das Praktikum hat uns aufgezeigt wie vielfältig die Arbeit in der Forschung sein kann und dass wir die richtige Studienwahl getroffen haben.
Ganz herzlich möchten wir uns bei Frau Dr. Mandy Schäfer, Aileen Stoll und Sarah Drewes bedanken, die in den diesen zwei Wochen sowohl die Betreuung und Einarbeitung übernommen, sowie jeglichem persönlichen Anliegen gegenüber offen waren. Auch ein großes Dankeschön gilt dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts, der dieses Praktikum und die tolle Betreuung durch die finanzielle Unterstützung ermöglicht hat.
Emil Oberbach, Renée Gruhn
Anastasia Reinhardt, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, August/September 2022
Während meines Studiums der Veterinärmedizin an der LMU München habe ich am Wahlpflichtfach „Biologie und Diagnostik von Tierseuchenerregern“ vom FLI teilgenommen. Die von Herrn Prof. Dr. Beer ausgeführten Projekte und Vorträge haben mich so begeistert, dass mir sofort klar wurde, dass ich am Institut für Virusdiagnostik ein Praktikum durchführen möchte. Nach einer erfolgreichen Bewerbung konnte ich im Rahmen meines großen kurativen Praktikums mein lang erwartetes Praktikum bei Herrn PD Dr. Dennis Rubbenstroth, PhD starten.
In meinem einmonatigen Praktikum durfte ich nicht nur Einblicke in verschiedene Projekte erhalten, sondern auch tatkräftig und selbständig diagnostische Methoden anwenden, die ich bereits in meinem Studium kennengelernt hatte. Gestartet hat mein Praktikum mit der Mitarbeit im Projekt „Diagnostik der Nidoviren von Schlagen“. Darüber hinaus habe ich die Möglichkeit bekommen, Schlangen und Waldmäuse zu sezieren - eine Freude für jede*n Tiermediziner*in. Noch spannender war die darauffolgenden RNA Extraktionen und RT-PCRs zum Virusnachweis aus den bei der Sektion genommenen Organproben und natürlich die zugehörige Auswertung. Des Weiteren durfte ich mit Zellkulturen arbeiten, welche für Virus-Isolationen gezüchtet wurden. Diese habe ich dann anschließend mittels IFT untersucht.
Das Praktikum am FLI im Institut der Virusdiagnostik im Labor von Herr Dr. Dennis Rubbenstroth hat mich nicht nur fachlich weitergebracht, sondern hat mir auch viel Freude und Spaß bereitet. Dafür bedanke ich mich herzlich bei Jedem, der mich betreut und Zeit gefunden hat, mir neue Sachverhalte zu erklären! Selbstverständlich auch ein herzliches Dankeschön an den Förderverein der FLI, welcher das Praktikum finanziell unterstützt hat.
Anna Eschenröder und Hans Theodor Wieland, Praktikum am Institut für Infektionsmedizin, August/September 2022
Im Laufe unseres Bachelorstudiengangs Humanbiologie haben wir uns für ein zweiwöchiges Praktikum am FLI entschieden. Dabei haben wir Einblicke in die Labore für Vektorkapazität und Stechmücken-Monitoring bekommen. Da wir uns erst im 2. Fachsemester befinden, haben wir hier eine sehr gute Chance bekommen schon einmal in spätere Fachgebiete hineinzuschnuppern und mehr über die dortigen Möglichkeiten in der Forschung zu erfahren.
Während unseres Praktikums in den Laboren von Prof. Dr. Cornelia Silaghi und Dr. Mandy Schäfer sind wir mit Zecken und Stechmücken in Berührung gekommen. Dabei wurde versucht uns möglichst viele der anfallenden Arbeiten näher zu bringen. So haben wir außerhalb des Labors, während der Feldarbeit, Zecken geflaggt sowie Stechmücken-Proben aus dem Moor und von einem Pferdehof gesammelt. Ein Teil der Stechmücken ging zur Zucht in das Insektarium, wo wir z.B. bei der Blutmahlzeit der Stechmücken unterstützen durften. Proben, die ins Labor gingen, wurden zunächst unter dem Mikroskop betrachtet und morphologisch die Art bestimmt. Anschließend wurde aus diesen Proben DNA und RNA extrahiert, sodass man mit Hilfe von PCR, Gelelektrophorese und Sequenzierung die Artenkomplexe differenzieren, Blutmahlwirte bestimmen und Viren detektieren kann. Während dieser Arbeiten haben wir unsere Fähigkeiten im Labor aktiv erweitert und somit unsere eigenen Ergebnisse auswerten können.
Ein besonderes Danke gilt hierbei Mandy Schäfer, Aileen Stoll und Sarah Drewes. Diese haben uns geduldig durch das zweiwöchige Praktikum geführt, alle Fragen beantwortet, die gängigen Labortechniken ausführlich erklärt und uns eine unvergessliche Zeit beschert. Vielen lieben Dank! Außerdem möchten wir uns recht herzlich bei dem Förderverein des FLIs für die finanzielle Unterstützung bedanken.
Anna Eschenröder, Hans Theodor Wieland
Wahlpflichtpraktikum Arbeitsmethoden in der Molekularen und Klinischen Virologie, September 2022
Zwischen dem 29.08.2022 und dem 09.09.2022 hatten wir, eine bunt gemischte Truppe von Masterstudierenden der Fächer Humanbiologie und Molekularbiologie & Physiologie, auf der Insel Riems die Möglichkeit, unser Wissen über die Arbeitsmethoden in der molekularen und klinischen Virologie zu erweitern und praktisch tätig zu werden.
Am ersten Tag wurden wir vor eine fiktive Situation gestellt: Zwei mit BVDV infizierte Rinderbestände, die unterschiedliche Symptome aufwiesen und deren virale Sequenzen sich bis auf eine einzige Deletion glichen. Um herauszufinden, ob diese Mutation einen Einfluss auf verschiedene Eigenschaften des Virus hat, wollten wir diverse Versuche durchführen und machten uns sogleich ans Werk. Die verwendeten Methoden im Praktikum waren vielfältig und so war für jeden von uns etwas Neues dabei. Manchmal wurde es im Labor zwar etwas eng, vor allem wenn es an die Sterilwerkbänke ging, doch wir unterstützten uns gegenseitig und versuchten halbwegs effizient zu arbeiten. Unsere nicht selten langwierigen Inkubationszeiten nutzten wir entweder für die von uns ersehnten Mittagspausen, bei denen wir uns gerne über unsere mitgebrachten Gerichte austauschten, oder für Theorieeinheiten.
Das klingt zunächst vielleicht langweilig, doch die Theorieeinheiten waren thematisch gut in den Ablauf des Praktikums eingebunden und führten dadurch sehr oft zu ergiebigen Diskussionen. Außerdem gaben unsere Betreuer sich sehr viel Mühe uns die teils komplexen Vorgänge verständlich zu machen, sodass das Zuhören tatsächlich Spaß gemacht hat. Spätestens als Dr. Höhnen uns vom Nanopore Sequencing erzählte, saß die Hälfte von uns gebannt auf der Kante ihrer Stühle. Insgesamt haben wir alle auf jeden Fall sehr viel aus diesem Praktikum mitgenommen – sei es nun praktisch oder theoretisch. Und wir sind uns auf jeden Fall alle einig, dass es das Praktikum mit der besten Aussicht war.
Ein riesiges Dankeschön geht an unsere Betreuer Frau Dr. Tews, Frau Dr. Diederich, Frau Dr. Groseth und Herrn Dr. Hoenen! Danke, dass sie so motiviert waren und unserer Fragen nie müde wurden. Es hat uns viel Spaß gemacht und wir konnten unser wissenschaftliches Arbeiten verbessern.
Darüber hinaus möchten wir uns beim Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts für die anteilige Übernahme der Fahrtkosten bedanken.
Anne Kuhr, Praktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie, Juli - September 2022
Im letzten Jahr des Veterinärmedizinstudiums, dem „praktischen Jahr“, stehen für die Studenten verschiedene Praktika an. Für mich stand fest, dass ich neben den klassischen tierärztlichen Praktika auch unbedingt ein Praktikum in einem Labor machen wollte, um einen Einblick in die Forschungsarbeit zu bekommen.
Während des Studiums kam ich bereits einige Male mit dem FLI in Kontakt und freute mich darum umso mehr nun auch mein Wahlpraktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie im Labor für Aviäre Influenza antreten zu können.
Während des Praktikums bekam ich die Möglichkeit, mein theoretisches Wissen auszubauen und viele praktische Kenntnisse dazuzugewinnen. In der ersten Woche schaute ich zunächst bei vielen Arbeiten zu, die mir ausführlich erklärt wurden. Relativ schnell durfte ich dann zunächst unter Aufsicht und später auch viel selbstständig arbeiten.
Da ich pandemiebedingt im Studium vor allem Online-Vorlesungen hatte, brachte ich nur wenig Laborerfahrung mit. Durch die tolle Betreuung am FLI und das praktische Arbeiten merkte ich schnell, wie viel sicherer ich von Tag zu Tag wurde.
Zu meinen Hauptaufgaben während des Praktikums gehörten vor allem Umklonierungsarbeiten. Ich bekam die Möglichkeit, viele Retransformationen und Transformationen sowie die sich anschließenden Aufreinigungen, Vervielfältigungen und Colony-PCRs selbstständig durchzuführen. Mithilfe von Kontroll-Gelelektrophoresen, Spektroskopie und Sequenzierungen konnte ich das Ergebnis anschließend überprüfen.
Weiterhin bekam ich viele lehrreiche Einblicke in verschiedene Methodiken und Grundarbeiten im Labor. So konnte ich das Anlegen von Zellkulturen lernen und hatte fortan über das Praktikum eigene Zellkulturen, die ich zwei Mal die Woche selbständig kontrollieren und gegebenenfalls umsetzen musste. Auch gängige Verfahren wie der Plaque Test, ELISA und Immunfluoreszenz wurden mir ausführlich erklärt und gezeigt.
Ich möchte mich sehr herzlich bei Diana bedanken, die mir alles geduldig und freundlich erklärte und mich schnell selbstständig arbeiten ließ.
Ebenfalls richte ich meinen Dank an das gesamte Labor von Dr. Abdel-Whab, in dem ein tolles und angenehmes Klima herrschte und immer Zeit für etwaige Fragen oder Hilfestellungen war.
Mein Dank gilt auch dem Förderverein des FLI für die Teilübernahme meiner Übernachtungskosten.
Anne Kuhr
Praktikum für Studenten der Nutztierwissenschaften (MSc) im Rahmen des Moduls „Tierseuchen und deren Bekämpfung“ August 2022
Am Montagmorgen machten sich sechs Studenten des Masterstudiengang Nutztierwissenschaften aus Rostock auf nach Riems.
Dort angekommen wurden wir von PD Dr. Kerstin Wernike und Bianka Hillmann herzlichst empfangen und abgeholt. Anschließend bekamen wir eine Einführung in die Welt der Viren von Prof. Dr. Thomas Mettenleiter. Er stellte uns das FLI vor und führte uns über das Gelände des Instituts. Zusätzlich zeigte er uns den Strandabschnitt, den wir zum „Wassertreten“ nutzten.
Am Nachmittag ging es für uns direkt ins Schullabor unter der Betreuung von Dr. Wernike und Frau Hillmann. Die beiden zeigten uns in den folgenden Tagen verschiedene Methoden der Virusdiagnostik anhand des Schmallenberg-Virus und des Bovine-Virusdiarrhoe-Virus. Für uns war es sehr interessant einmal selbst einen PCR-Test, Antigentest und den ELISA-Test durchzuführen und nicht nur theoretisch in den Vorlesungen zu hören.
Im Folgenden hatten wir durch Dr. Julia Sehl-Ewert die Möglichkeit Einblicke in die Pathologie und Histologie zu bekommen. Die Methodik wurde uns anhand der Afrikanischen Schweinepest (ASP) gezeigt und wir konnten uns selbst ein Bild unter dem Mikroskop machen, wie die ASP in der Zellstruktur wirkt.
Wir bedanken uns beim gesamten Team des FLI für die spannenden Einblicke, wir haben uns sehr wohl gefühlt und konnten sehr viel Wissen mitnehmen!
Unser Dank gilt auch dem Förderverein des FLI für die finanzielle Unterstützung der Unterkunft.
Lisa, Frieda, Felix, Almut, Miriam und Lia
Constantin Lorenz, Praktikum am Institut für Immunologie, August/September 2022
Das letzte Jahr des Tiermedizinstudiums dient der praktischen Ausbildung und bietet Studierenden die Möglichkeit, verschiedene Arbeitsfelder in der Tiermedizin kennenzulernen. Da mich die Arbeit im Labor schon lange interessierte, nutzte ich diese Zeit um verschiedene Institute kennenzulernen. Da ich mich auch schon seit längerem für die Forschung am FLI interessiere, freute es mich sehr, das Institut für Immunologie für 8 Wochen kennenlernen zu dürfen.
Ich bekam die Chance, diese Zeit im Labor von Dr. Robert Kammerer zu absolvieren und dort an einem Projekt zum Thema Amerikanische Faulbrut der Bienen mitzuarbeiten. Ich durfte Dr. Sandra Ehrenberg bei ihrer Arbeit begleiten und konnte schnell viele verschiedene Methoden des Laboralltags kennenlernen. Durch die engagierte und hilfsbereite Betreuung durfte ich nach kurzer Zeit viele Arbeiten selbstständig durchführen, konnte mich dabei aber stets bei aufkommenden Fragen an sämtliche Mitarbeiter der Arbeitsgruppe wenden.
Ich lernte die Aufarbeitung von Honigproben im Labor, die makroskopische Beurteilung und Subkultivierung von Paenibacillus larvae und Begleitkeimen aus dem Mikrobiom des Bienendarms sowie die anschließende Kryokonservierung und DNA-Extraktion aus den angezüchteten Bakterien. In der folgenden Arbeit mit dieser DNA konnte ich zahlreiche Sequenzierungs- und Real-Time-PCRs durchführen und meine Fertigkeiten in der DNA-Aufreinigung festigen. Auch die wissenschaftliche Aufbereitung von gewonnenen Daten kam nicht zu kurz; Ich lernte die ermittelten Daten mittels wissenschaftlicher Software zu analysieren und zu interpretieren.
Ein kleines persönliches Highlight bestand in den Besichtigungen der Bienen und der praktischen Arbeit mit den Bienenlarven.
Auch die Klonierung von bakterieller DNA mit anschließender Transformation in kompetenten E. coli-Zellen wurde mir nähergebracht.
Andere Grundlagen der Laborarbeit, wie Gelelektrophoresen, Western Blots oder ELISAs konnte ich ebenso erlernen und mit der Zeit selbständig durchführen.
Ich möchte mich recht herzlich bei allen für die wunderbare und sehr lehrreiche Zeit am FLI bedanken, besonders bei Sandra und Franzi, die mich sehr herzlich aufgenommen und Stück für Stück in den Laboralltag integriert haben. Außerdem möchte ich mich bei Dr. Robert Kammerer für die Möglichkeit bedanken, das Praktikum in seinem Labor absolvieren zu dürfen.
Ein besonderer Dank gilt auch dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts für die finanzielle Unterstützung der Unterkunft.
Wahlpflichtpraktikum am Institut für Virusdiagnostik, August 2022
Im Rahmen des Wahlpflichtfachs „Biologie und Diagnostik von Tierseuchenerregern“ hatten auch dieses Semester wieder einige Studenten der LMU die Chance auf ein spannendes Praktikum am Friedrich-Loeffler-Institut, und so machten wir uns zu viert auf den Weg in den hohen Norden.
Angekommen auf der Insel Riems wurden wir sehr herzlich von Frau Dr. König empfangen. Nach einer kurzen Einweisung ging es für uns auch schon ins Labor. Sicherheit geht vor - aus diesem Grund startete der praktische Teil mit einem Corona-PCR-Test. Am Nachmittag hat sich Herr Professor Dr. Beer persönlich sehr viel Zeit für uns genommen und uns bei einem Spaziergang alles Wissenswerte über die Insel und die dortige Forschung erzählt. Von verschiedensten Laboren über die eigene Tierzucht bis hin zu den Sentinel-Enten wurde uns alles gezeigt.
Der nächste Tag begann im Labor; in Kleingruppen kultivierten wir mit BHV-1-infizierte Zelllinien und erlernten sowohl praktisch als auch theoretisch das Prinzip der Immunfluoreszenz. Mit Frau Dr. König, Frau PD Dr. Wernike und Frau Hillmann an unserer Seite gelang die Diagnostik ohne Probleme und auch all unsere Fragen wurden ausführlich beantwortet. Am Nachmittag lauschten wir in der Bibliothek dem Vortrag von Herrn Dr. Ulrich über Versuchstiere, außerdem durften wir ihn über seine Zeit als Doktorand am FLI ausfragen.
Auch der dritte Tag startete im Labor und gemeinsam mit unseren Betreuerinnen widmeten wir uns der Virustitration und dem ELISA. Abschließend beurteilten wir noch unsere gestern angesetzte Zellkultur und untersuchten unter dem Mikroskop die typischen zytopathischen Effekte der jeweiligen Viren. Nach dem Mittagessen wurden wir über die Sequenzierung mit dem MinIon aufgeklärt und anschließend diskutierten wir noch über die Afrikanische Schweinepest und das Borna-Virus. Den Abend ließen wir im nahegelegen Wieck ausklingen.
Die Zeit verging wie im Flug und so nutzten wir unseren letzten Tag am Institut und ließen uns aufschlussreiche Details über die Maul- und Klauenseuche erklären. Mittags bekamen wir die Chance auch noch ein anderes Institut kennenzulernen, und so folgen wir gespannt dem Vortrag des „Instituts für Internationale Tiergesundheit/One Health“ und erfuhren viel über deren spannende Projekte. Nach einem Besuch des Friedrich-Loeffler-Hauses ging es für uns nach einer interessanten Woche wieder nach Hause.
Wir hatten eine sehr spannende und lehrreiche Woche am FLI und sind uns einig, dass es die lange Reise auf jeden Fall wert ist. Unser besonderer Dank richtet sich an Herrn Professor Dr. Beer, Frau Dr. König, Frau Dr. Wernike sowie Frau Hillmann für Ihre Zeit und die sensationelle Betreuung sowie auch allen weiteren Referierenden. Außerdem möchten wir uns recht herzlich bei dem Förderverein des FLIs für die finanzielle Unterstützung bedanken.
Sophie Zeiske, Praktikum am Institut für neue und neuartige Tierseuchenerreger (INNT), Juni/Juli 2022
Ich studiere Veterinärmedizin an der Freien Universität Berlin und habe mich dazu entschieden im Verlauf meines Praktischen Jahres ein Praktikum am Friedrich Loeffler Institut zu machen, um einen Einblick in die aktuelle Forschung und Tierversuche zu bekommen.
In den ersten drei Wochen war ich Praktikantin im Labor von PD Dr. Anne Balkema-Buschmann. Hier wurde ich vom ersten Tag an in die Testung von Fledermausproben aus Afrika mittels dem Luminex einbezogen. Dank der von uns gekoppelten Beads konnten wird die Fledermaus Blutproben dabei gleichzeitig auf West-Nile-Virus, Usutu-Virus, Hendravirus, Nipah-Virus, Ghanavirus, Rift Valley Fever-Virus, Hepatitis E Virus und noch einige andere Viren testen.
Außerdem konnte ich durch die häufige Arbeit mit Zellen, den richtigen Umgang mit Zellkulturen lernen. Meine Arbeit umfasste dabei vor allem das Aufteilen und Umsetzen der Zellen sowie das Auszählen unter dem Mikroskop. Letztendlich konnte ich dadurch Zellen anzüchten, die wir dann mit verschiedenen Viren infiziert haben, um die Virustiter zu bestimmen.
Während meiner ersten Wochen hatte ich auch die Möglichkeit Dr. Balkema-Buschmann in den Tierstall mit den Flughunden zu begleiten.
Dabei habe ich ihr einmal bei einer Sektion assistiert und ein anderes Mal dabei geholfen eine Flughund-Gruppe in eine Versuchstier- und eine Zuchttiergruppe aufzuteilen.
In meiner letzten Woche im Labor Balkema- Buschmann habe ich mitgeholfen einen Tierversuch vorzubereiten, bei dem Hamster mit dem SARS CoV-2 Virus infiziert wurden. Ich konnte bei der Einstallung der Tiere im S3-Stall behilflich sein. Zusammen haben wir die Tiere gewogen und markiert, sowie einen Maultupfer und eine Blutprobe von jedem Tier genommen. Zum Schluss haben wir die Hamster nach den jeweiligen Versuchsgruppen in die Käfige eingeteilt.
In den nächsten zwei Wochen meines Praktikums am FLI war ich im Labor von Dr. Markus Keller. Hier habe ich durch selbständiges Arbeiten mit verschiedenen SARS-CoV-2 PCRs gelernt, wie man diese korrekt durchführt. In den letzten Tagen meines Praktikums hatte ich dann die Aufgabe Organ- und Blutproben von Waschbären mittels PCR auf das West Nile Virus zu testen.
Ich durfte Dr. Keller in der ersten Woche außerdem bei einer Schafsektion begleiten. Außerdem konnte ich ihm dabei helfen Schwanzspitzenproben von genveränderten Mäusen zu nehmen, die dann mittels PCR auf die veränderten Gene untersucht wurden.
In meiner Zeit bei Dr. Keller haben wir außerdem ein Projekt begonnen, bei dem es am Ende darum geht, einen Serum-Neutralisationstest (SNT) für SARS-CoV-2 bei Tieren zu entwickeln. Bei diesem SNT sollen die Spikeproteine des Coronavirus mithilfe von Zellen präsentiert werden, die zuvor mit einem lentiviralen Plasmid transfiziert wurden.
Als Vorbereitung dafür habe ich mittels PCR verschiedene Primer für das Spikeprotein-Gen getestet, um dann mithilfe der Gelelektrophorese zu sehen, welche Primer Paare das Gen am besten amplifizieren.
Um die Transfektion mit den lentiviralen Plasmiden zu testen, haben wir zunächst Zellen dafür angezüchtet, die dann mit einem Plasmid transfiziert wurden, das für ein fluoreszierendes Protein codiert.
Ich wurde vom ersten Tag freundlich aufgenommen und habe mich während des gesamten Praktikums sehr wohlgefühlt. Deshalb möchte ich mich zum einem beim Labor Balkema-Buschmann, also bei Dan, Claudia, Julia, Björn und Anne und zum anderen beim Labor Keller, bei Markus und Kathrin für eines meiner besten Praktika bedanken.
Außerdem bedanke ich mich auch bei dem Förderverein des FLI für die Übernahme eines Teils meiner Kosten für die Übernachtung.
Ich würde mich sehr freuen alle wieder zu sehen.
Sophie Zeiske
Judith Wedemeyer, Praktikum am Institut für Epidemiologie, Juni/Juli 2022
Die Epidemiologie begeisterte mich seit ich im siebten Semester meines Tiermedizinstudiums an der LMU in München die Vorlesung von PD Dr. Carola Sauter-Louis besuchte. Umso mehr freute ich mich über die Gelegenheit, im Rahmen meines Praktischen Jahres ans IfE zu kommen.
Während des Praktikums durfte ich mich mit verschiedenen Themen rund um das aktuelle Ausbruchsgeschehen der Afrikanischen Schweinepest (ASP) beschäftigen.
In dem Projekt Computer Vision ging es darum, das post-mortem-Intervall von Wildschweinkadavern auf Fotos mithilfe eines Bilderkennungsprogramms zu bestimmen. In Zukunft könnten so Bilder von Wildschweinkadavern, die während eines neuen Ausbruchs der ASP gefunden werden, durch Computer ausgewertet werden und anschließend Rückschlüsse auf den Eintragszeitpunkt der Tierseuche gezogen werden. Ich fand es sehr beeindruckend wie Tiermedizin, Computerwissenschaften und Biomathematik hier zusammenwirken.
Besonders spannend fand ich außerdem Analysen zur Saisonalität der ASP. Mithilfe einer Zeitreihenanalyse wird die saisonale Komponente der Daten aus den Tierseuchendatenbanken ADNS bzw. AIDS sichtbar. Nachdem ich die Programmiersprache R gelernt hatte, konnte ich die Zeitreihenanalyse selbst anwenden und in R verschiedene Grafiken erstellen, welche die saisonalen Schwankungen der Prävalenz der ASP bei Wildschweinen und Hausschweinen in verschiedenen Ländern darstellen.
Ich hatte außerdem die Möglichkeit, einen Einblick in eine spannende Studie zur Seroprävalenz von Antikörpern gegen das SARS-CoV-2 bei Haustieren zu bekommen. Dabei durfte ich unter anderem den ELISA zur Bestimmung des Antikörper-Titers durchführen.
Ich bedanke mich bei allen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern des IfE für das vielseitige Praktikum und die überaus freundliche Aufnahme in das Team. Besonders möchte ich mich bei Dr. Anna Michelitsch und Martin Oettler bedanken, die mich mit ins Labor genommen haben und mir die Grundlagen zum Arbeiten mit Zellkulturen und zur Virusanzucht gezeigt haben. Mein Besonderer Dank gilt auch Lisa Rogoll, Dr. Jörn Gethmann, Anne Schütz und Ann-Kathrin Güttner, die bei Fragen immer ein offenes Ohr für mich hatten. Nicht zuletzt möchte ich mich bei PD Dr. Carola Sauter-Louis für die herzliche Betreuung bedanken. Ich habe meine Zeit am IfE sehr genossen und viel Neues gelernt.
Ein herzliches Dankeschön gebührt außerdem dem Förderverein des FLI für die großzügige finanzielle Unterstützung, die meinen Aufenthalt am FLI möglich gemacht hat.
Mila Wendland, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, Juni/Juli 2022
Als geborene Greifswalderin stand für mich seit Beginn des Studiums der Veterinärmedizin fest, dass der Standort Riems des Friedrich-Loeffler-Instituts ein „Must Have“ im Praktischen Jahr sein wird. Durch mehrere Wahlpflichtkurse konnte ich bereits vorab kleine Einblicke in das Institut für Virusdiagnostik erhalten, jedoch Pandemie bedingt, nur digital und nicht live vor Ort. Umso größer war dann die Freude, einen der gegehrten Praktikumsplätze erhalten zu haben und sogar im Wunschlabor bei Frau Dr. Sandra Blome und der Arbeitsgruppe der Afrikanischen Schweinepest arbeiten zu dürfen.
Der erste Tag begann mit Sicherheitseinweisungen und vielen Unterschriften und schon waren wir auf dem Weg in das T4/S4 Labor. Es wirkte anfangs etwas befremdlich die eigene Kleidung komplett abzulegen und sich dann neu anzukleiden, obwohl man sich dieser Tatsache vor Aufnahme des Praktikums bewusst ist. Auch die vielen Schleusen und Duschabläufe waren ungewohnt. Aber diese Vorgänge wurden schnell zum Alltag und die Gewöhnung an die Arbeitsverhältnisse in Unterdruckräumen verlief zügig. Ich hatte großes Glück und konnte die Vorbereitung zweier Tierversuche miterleben. Das Handling von Frischlingen war selbstverständlich ein Highlight, besonders bemerkenswert empfand ich die Entwicklung der Tiere und die rasant zunehmende Zutraulichkeit.
Was mich jedoch am FLI am meisten beeindruckt hat, sind die Kollegen. Egal ob Pförtner, Wäscheausgabe, Technik, Tierpfleger oder angrenzende Labore und besonders meine Arbeitsgruppe, jede Person war stets aufgeschlossen, hilfsbereit und auskunftsfreudig. Jegliche Berührungsängste konnten somit sofort ad acta gelegt werden und ich hatte die Möglichkeit mich voll und ganz auf die für mich neuen Arbeitsgeräte zu konzentrieren.
Ein besonderer Dank geht an den Förderverein des FLI, welcher sich an den Fahrtkosten im Rahmen des Praktikums beteiligt hat. Speziell im praktischen Jahr ist jede Hilfe willkommen, hinzu kamen jedoch in diesem Fall die rasant steigenden Preise für Treibstoff, bedingt durch das weltpolitische Geschehen. Für mich persönlich ist es in diesem Fall eine essenzielle Unterstützung, die einen großen Unterschied macht.
Julia Palmberger, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, Mai 2022
Im Mai 2022 durfte ich im Labor von Dr. Florian Pfaff hinter die Kulissen der Virusdiagnostik schauen und gleich an einem geplanten Projekt mitarbeiten. Dabei handelte es sich um Gewebeproben von verschiedenen Brillenpinguinen aus Zoos in und außerhalb von Deutschland. Gesucht wurde ein Herpesvirus.
Gemeinsam bearbeiteten wir die Proben und mein erworbenes Wissen aus dem Veterinärmedizin-Studium, hier insbesondere aus der Pathologie und Anatomie, wurde dabei gefordert. Die Proben wurden in Pufferlösung überführt, anschließend folgte die Extraktion von DNA mittels King Fisher. Nach der Extraktion führten wir qPCRs durch und werteten diese aus. Dabei wurde mir der Umgang mit der benötigten Software nahegebracht. Ich konnte selbständig weitere qPCRs durchführen und anschließend auf vorhandenes oder nicht vorhandenes Virus prüfen. Bisher ergab sich ein positives Signal, dem das Team Labor Pfaff nachgehen wird.
Ganz herzlich bedanke ich mich bei Jenny Lorke und Dr. Florian Pfaff für ihre Mühe beim Erklären und Demonstrieren ihrer Arbeit, Ihr habt mir die Virusdiagnostik nahegebracht und ich durfte mich in zahlreichen Labortätigkeiten üben. Mein Dank gilt auch dem Förderverein.
Wahlpflichtpraktikum am Institut für Virusdiagnostik, Mai 2022
Auf den Spuren des Friedrich Loefflers
Nach zwei Jahren Corona-Pause durften wir als erste Studierende der LMU im Rahmen des Wahlpflichtfachs „Biologie und Diagnostik von Tierseuchenerregern“ wieder die Reise quer durch Deutschland in den Norden zum FLI auf der Insel Riems antreten. Dort wurden wir sehr herzlich von Professor Dr. Martin Beer empfangen und durch das Institut, das „Alcatraz der Viren“ geführt.
In der wunderschönen Bibliothek lauschten wir den spannenden Vorträgen, in denen Prof. Dr. Beer von der interessanten Arbeit in den Laboren des FLIs erzählte. Bei unserem gemeinsamen Spaziergang über die Insel durften wir einen Blick in die Hochsicherheitslabore und Stallungen werfen. Neben einigen Kühen, die in ihren Ausläufen die Sonne und den Ostseeblick genossen, sahen wir sogar ein Wildschwein aus eigener Zucht.
Am zweiten Tag führten wir eine qPCR von der Probennahme bis hin zum Cycler selbst durch. Dann kultivierten wir mit BHV1-infizierte Zelllinien bevor uns am Nachmittag spannende Vorträge über die Jungtaubenkrankheit und SARS-CoV Infektionen bei anderen Tierarten wie zum Beispiel den Rindern erwarteten.
Der dritte Tag begann dann im Labor von Dr. Patricia König mit der Begutachtung der Zellkulturen vom Vortag und wir lernten das Prinzip der Virustitration kennen. Später sahen wir beeindruckende Bilder unter dem Fluoreszenzmikroskop. Die Wartezeiten zwischendurch nutzen wir effektiv aus, sodass jeder von uns ein eigenes ELISA zur Detektion von Rinderleukose- Antikörpern durchführte. Am Nachmittag durften wir noch Vorträgen über die aviären Influenzaviren, Sequenzierung im Allgemeinen und neueren Techniken wie das Nanoporesequencing, aber auch einem Vortrag über die Afrikanische Schweinepest durch Referenzlaborleiterin PD Dr. Sandra Blome lauschen. Nach einem langen, aber sehr interessanten Tag, ließen wir den Abend dann in dem hoch angepriesenen Restaurant „De Fischer un sin Fru“ gemütlich ausklingen.
Der Tag der Abreise kam viel zu schnell und so waren wir glücklich, dass sich Prof. Dr. Martin Beer vormittags noch einmal die Zeit für uns nahm und uns einen kleinen „Crashkurs der Virologie“ gab. Auch über andere spannende und aktuelle Themen aus der Virologie und der „Welt der Tierseuchenerreger“ referierte er, bevor es für uns Zeit wurde, den Zug zurück nach München zu nehmen.
Ob wir einmal in die Fußstapfen unserer Vorgänger treten werden, die die letzten Jahre das Wahlpflichtfach absolviert haben und ebenso für ein Praktikum oder sogar eine Doktorarbeit ans FLI zurückkehren werden? Wer weiß das schon, sicher ist jedoch, dass wir drei eine tolle Zeit hatten, uns immer gut aufgehoben fühlten, eine Menge gelernt haben und es uns definitiv vorstellen könnten und in Erwägung ziehen werden.
Wir danken allen, die uns während unserer Zeit am FLI begleitet und uns einen angenehmen Aufenthalt ermöglicht haben.
Besonderer Dank gilt dem Förderverein für die finanzielle Unterstützung.
Theresa Hoffmann, Mathis Rimmele und Julia Schnieder
Isabella Panhofer, Praktikum am Institut für Virusdiagnostik, April/Mai 2022
Meine 6 Wochen am Institut für Virusdiagnostik sind wie im Fluge vergangen, denn ich hatte eine sehr schöne Zeit auf der Insel Riems. Ich durfte mein Praktikum mit dem Schwerpunkt auf Maul- und Klauenseuche im Labor von Dr. Michael Eschbaumer absolvieren und hatte eine großartige Betreuung. Gleich am ersten Tag ging es für mich also zum ersten Mal in einen Hochsicherheitsbereich! Durch die Corona-Zeit und das viele Online-Learning hatte ich leider nur wenig Laborerfahrung, umso toller war es also nun endlich praktisch die gängigsten Laborarbeiten gezeigt zu bekommen und üben zu können. Von Primer designen, aufwendigen PCR-Protokollen über Gelektrophoresen inklusive anschließender Gelextraktion, verschiedenen Nucleinsäureextraktionen, dem Arbeiten mit Zellkulturen sowie sonstiger Pipettierarbeit war alles dabei. Außerdem konnte ich sehen, wie die Sequenzierung sowohl mit der Methode nach Sanger sowie mittels des iSeq durchgeführt und anschließend ausgewertet wird. Da unser Nachbarlabor gerade einen Tierversuch zur afrikanischen Schweinepest durchführte, hatte ich außerdem die Möglichkeit, das Team von Dr. Sandra Blome in die Stallungen zu begleiten und sah auch zum ersten Mal, wie eine Absamung beim Eber durchgeführt wird. Neben all den praktischen Erfahrungen habe ich auch viel Wissen vermittelt bekommen, insbesondere natürlich zu MKS – dem Genomaufbau, der Persistenz des Virus im Rind und im Kaffernbüffel, zu verschiedenen MKS-Impfstoffen, zum Herstellen eines MKS-Virus mit einem integrierten Markerprotein und zur Evolution des Virus innerhalb des Wirts. Das Team im Labor hat mich von Anfang an sehr herzlich aufgenommen und die Arbeitsatmosphäre war wirklich immer spitze, sodass mir jeder Tag sehr viel Spaß gemacht hat. Besonders bedanken möchte ich mich bei Benedikt Litz und Anja Landmesser für die großartige Zeit - vielen, vielen Dank!
Hannah Eßlinger, Praktikum am Institut für neue und neuartige Tierseuchenerreger, April/Mai 2022
Da meine ganzen Virologie Kurse coronabedingt nur Online stattfanden und ich keine praktischen Erfahrungen in diesem Bereich sammeln konnte, wollte ich unbedingt ein Praktikum am FLI wahrnehmen und mir die zuvor theoretisch erlernten Verfahren wie ELISA, RT-PCR oder RNA Isolierung anschauen und selbst durchführen.
Felicitas Bergmann, Doktorandin in der AG Ziegler am INNT, hat mich die ersten 3 Wochen sehr gut betreut und eingearbeitet, so dass ich schnell selbstständig RNA isolieren konnte. Das sterile Arbeiten unter der Werkbank, wie man sich anziehen muss (2 Handschuhe, Stichschutz und Ärmelschoner), wie man die Proben für die Isolierung vorbereitet und wie man eine Werkbank nach der Arbeit mit potentiellen Viren wieder steril bekommt, waren neu und daher sehr interessant für mich. Mit Felicitas zusammen habe ich auch einen Serumneutralisationstest vorbereitet und einen WNV-ELISA durchgeführt.
Mit Frau Dr. Ziegler war ich insgesamt zwei Mal bei Sektionen dabei, bei denen wir Organproben und Tupfer von verschiedenen Sing- und Rabenvögeln entnommen haben. Anschließend habe ich die Proben teils selbst im Labor weiterbearbeitet. Auch habe ich mit ihr einen neuen USUV-Virusstock für die Diagnostik angezüchtet, den wir dann später geerntet und austitriert haben.
Anne Günther vom IVD hat mir viel darüber erzählt, wie die Zusammenarbeit mit den Ornithologen aussieht, damit man Blutproben entnehmen kann, während die Vögel beringt werden. Es war sehr interessant zu hören, wie viele Menschen man benötigt um an einen Horst zu gelangen.
Auch dürfte ich mit Herrn Dr. Keller (INNT) in die Labormaushaltung reinschauen, Mäuse für die Zucht und Transport auswählen und ich habe einen interessanten Vortrag über SPF-Mäuse bekommen.
Mit Katja Wittig konnte ich mir einen WNV-IgM ELISA und eine RT-PCR anschauen. Sie hat jede meiner vielen Fragen beantwortet und hat mich in der letzten Woche toll betreut.
Ich war angenehm überrascht, wie viel ich auch selber im Labor machen durfte und ich habe viele verschiedene Einblicke bekommen. In den 4 Wochen habe ich soviel gelernt wie selten zuvor in einem Praktikum. Auch habe ich mich im Labor sehr wohl gefühlt. Die Mittagspausen habe ich immer zusammen mit verschiedenen Doktoranden verbracht und da ich selbst eine Doktorarbeit machen möchte, habe ich dadurch einen besseren Einblick bekommen, was es heißt, am FLI seine Doktorarbeit zu schreiben.
Besonders bedanken möchte ich mich bei Frau Dr. Ziegler, bei Felicitas und bei Katja für die tolle Betreuung, die Organisation, die Zeit, die Geduld und die für Beantwortung all meiner Fragen.
Mein abschließender Dank geht an den FLI Förderverein für die finanzielle Unterstützung meines Praktikums.
Hannah Eßlinger
Katherine Zhou, Internship at the Institute of Epidemiology, April/May 2022
I am a veterinary student at Cornell University, interested in avian medicine and the epidemiology of animal diseases at the interface of wildlife and domestic animals. I also wanted to learn how animal disease outbreaks affect policy making and executions in European countries. Therefore, when PD Dr. Carola Sauter-Louis offered me an opportunity to work on a research project investigating the differences in recent highly pathogenic avian influenza (HPAI) outbreaks in Germany, I was more than happy to come to the FLI for an internship.
During my internship, I examined the data of the recent HPAI outbreaks from the Tierseuchungnachrichtensystem (TSN) and learned a lot about the poultry industry and animal disease management in Germany that way. Dr. Sauter-Louis also explained to me the role each different sector plays in animal disease outbreaks and during European Commission audits. It was informative to hear how animal health data can be used, which increased my interests in disease data collection and analysis.
I also attended seminars and talks on the topic of One Health during the internship. Before, I mostly think of One Health as a concept concerning infectious diseases that spill over and spill back between wildlife, domestic animals, and humans. After listening to different projects in the field of One Health, however, I realized that One Health also concerns people’s well-beings and securities, non-infectious diseases, environment, biodiversity, social sciences and humanities subjects, and much more. I will bring this knowledge with me as I explore different career options in the One Health field.
Finally, I cannot thank Dr. Sabine Mann and PD Dr. Carola Sauter-Louis enough for making this opportunity possible. It has been a unique experience for me and provided valuable insights for future career options. I greatly appreciate the Förderverein for covering half of my accommodation cost as well. I look forward to coming back to the FLI in the future.
Laima Licitis, Praktikum am Institut für Epidemiologie, Januar - April 2022
It was a cold winter day when I first arrived at Insel Riems. The sky was overcast, and the gentle sound of waves surrounded me. At the time, I was unsure of what to expect at this remote island, but at the end of my 3-month practicum, I had learned and experienced more than I could have ever imagined.
My name is Laima Licitis. At the time of the practicum, I was a student at the Ohio State University pursuing an MPH in Veterinary Public Health. As part of my graduation requirements, I needed to complete an applied experience which I was able to do at the Friedrich Loeffler Institut.
My practicum at the Friedrich Loeffler Institut, specifically within the Institute of Epidemiology, primarily focused on African Swine Fever (ASF). During the entire course of the practicum, I worked under the supervision of Dr. Carola Sauter-Louis and Dr. Hannes Bergmann, investigating the risk factors that could potentially predict the presence of African Swine fever in Germany. I also had the pleasure of working with PhD student Lisa Rogoll during certain parts of the project.
The majority of my practicum involved risk mapping of ASF risk factors using R. It was fascinating to discover the various factors that may play a role in the spread of this devastating disease and the many limitations wildlife diseases face in terms of both research and surveillance. However, while these difficulties existed, by the end of the practicum, I was able to develop several ASF risk maps and present them to members of the Institute of Epidemiology as part of my master’s requirements.
While most of the practicum was spent working in R, where I analyzed and applied spatial data, I also had the opportunity to travel to an area in east Germany dealing with ASF. This allowed me to apply my German language skills as well as experience the reality of the disease out on the field. During this excursion, we spoke to various professionals involved in the control, monitoring, and surveillance of the disease and learned the issues they face and the discoveries and observations they had made. We also got to participate in carcass searches, where I learned the limitations and struggles people may face trying to find wild boar carcasses. Altogether, the field excursion allowed me to obtain a glimpse of what reality is like in the field and the various risk factors which we may not have been aware of unless we physically went to the locations of interest.
Thank you to everyone who made this experience possible and made my stay memorable. I am extremely grateful for being able to experience wildlife research, epidemiology, as well as a different culture. I would also like to thank the Förderverein for their financial support of my experience at the FLI.
Lea Eichholz, Praktikum am Institut für neue und neuartige Tierseuchenerreger, März / April 2022
Mein Interesse für die Virologie bestand schon weit vor der Coronapandemie 2020. Da ich aktuell an der Universität Greifswald im 5. Semester B. Sc. Biologie studiere, nutzte ich die Chance ein Berufspraktikum vom 7.3. - 1.4.22 am FLI, genauer gesagt am INNT, in der AG Ulrich zu absolvieren.
Am ersten Tag wurde ich freundlich vom AG Leiter Prof. Dr. Rainer Ulrich empfangen, welcher mich willkommen hieß und mich bezüglich Laborsicherheit belehrte. Anschließend lernte ich meinen Betreuer Dr. Stephan Drewes kennen, welcher mich mit der Insel und den meisten Räumlichkeiten des FLIs vertraut machte.
Der Rest der Woche bestand unter anderem darin, dass ich in der Cytochrom b PCR zur molekularen Speziesbestimmung unterwiesen wurde und erlernte, wie man die anschließende Gelelektrophorese auswertet (Abb. 1).
Des Weiteren führte ich erstmals eine Aufreinigung durch, welche nötig für das anschließende Sequenzieren von Proben ist. Nachdem wir die Sequenzierungsergebnisse aus dem Labor Pfaff erhielten, lernte ich, wie man mit den erhaltenen Sequenzen weiter verfuhr. Hierfür wurde eine online Abfrage mit dem „BLAST“ Algorithmus erstellt, um die neu erhaltenen Sequenzen mit in einer Datenbank vorhandenen Sequenzen zu vergleichen.
In der zweiten Woche arbeitete ich mit der Doktorandin Viola Haring zusammen. Nun hatte ich die Chance die Standardmethoden wie PCRs und die anschließenden Gelelektrophoresen zu festigen. Fiel ein Ergebnis mal nicht wie erwartet aus, war dies vielleicht nicht gut für die Forschungsarbeit, jedoch gut für meinen Lernerfolg. Denn dass Experimente und Methodiken nicht immer funktionieren, ist die Realität. Nun galt es die möglichen Fehlerquellen zu identifizieren und weitestgehend zu eliminieren.
Ab der zweiten Hälfte der dritten Woche war der Doktorand Calvin Mehl mein Begleiter. Unter seiner Aufsicht sezierte ich den vorderen Teil eines Nagerkopfs und erhielt erstmals im wissenschaftlichen Umfang einen kleinen Einblick in dessen Anatomie. Außerdem arbeitete ich erstmals unter einer Sterilbank und lernte den Umgang mit neuen Laborgeräten kennen. Da in dieser Woche erneut eine Sequenzierung anfiel, führte ich die Aufreinigung dieser ebenfalls unter seiner Aufsicht durch. Als besonders interessant empfand ich außerdem noch die Prozedur rund um eine RNA-Extraktion mit KingFisher, inklusive der theoretischen Hintergründe. Im Allgemeinen stellte Calvin generell sicher, dass ich nicht nur den Anweisungen Folge leistete, sondern auch die jeweiligen Funktionsweisen nachvollziehen konnte.
Am Anfang meiner vierten und somit letzten Woche begleitete ich die Auszubildene Ina Linzke, die mich in der Anwendung, Funktionsweise und im Prinzip von Western Blots unterwies. Gegen Ende meiner letzten Woche zeigte mir mein Betreuer S. Drewes die manuelle Nukleinsäure-Extraktion. An dieser Stelle danke ich Stephan Drewes für seine sehr hilfreichen Tipps, die er mir über die Zeit gegeben hat. Ich schätze es auch sehr wert, dass er einen festen Tagesplan für mich erstellt hat, was mir einen geregelten Tagesablauf ermöglichte. Des Weiteren hielt mein AG Leiter Rainer Ulrich einen Übersichtsvortrag, welcher mir erneut inhaltlich einen allgemeinen Einblick in seine Arbeitsgruppe und deren Arbeit ermöglichte. An dieser Stelle möchte ich ihm für seine Fürsorge danken, da nicht nur dieser Vortrag sicherstellen sollte, dass ich mich (thematisch) zurechtfand, sondern ich danke auch dafür, dass ich mehrmals wöchentlich von ihm gefragt wurde, ob ich mich wohlfühle. Das schätze ich sehr wert.
Durch das Wechseln der Betreuer*innen, konnte ich Einblicke und Erfahrungen in den teilweise recht unterschiedlich wirkenden Gebieten erlangen, in die ich voraussichtlich ohne das Praktikum nie Einblicke erlangt hätte.
Abschließend möchte ich mich bei der gesamten AG Ulrich bedanken und beim Förderverein, der mir meine Fahrtkosten teilfinanziert hat!
Sophienné Touihri, Praktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie, Februar - April 2022
Bilder sagen bekanntlich mehr als Worte, zumal in der Zellbiologie. Darum war ich auf der Suche nach einem Berufspraktikum, welches aktuelle Forschungsthemen der molekularen Zellbiologie mit dem Schwerpunkt Imagingmethoden verbindet und nebenbei mein Interesse an der Immunologie und Virologie wach hält. Dieses konnte in der Arbeitsgemeinschaft von Dr. Ushakov durch Vermittlung von Professor Finke ermöglicht werden. Im Rahmen des Masterstudienganges Humanbiologie konnte ich dort erfolgreich mein Berufspraktikum am Institut für molekulare Virologie und Zellbiologie (IMVZ) abschließen.
Während meines zwei-monatigen Praktikums konnte ich mit Hilfe der sehr freundlichen Unterstützung von Ola Bagato (PhD Studentin) und Kathrin Müller (TA) die Methodik des Tissue Clearing Verfahrens, der Aufbereitung histologischer Schnitte und deren immunhistochemischer Färbung, sowie Software Imaging Analyse mit Arivis Vision 4D erlernen. Tissue Clearing ermöglicht es, Gewebe über spezielle Verfahren transparent zu machen. Dabei wird der Brechungsindex dem des Mediums Ethyl-3-phenylprop-2-enoate (Eci) angenähert, um die räumliche Verteilung von Antigenen Determinanten innerhalb von Gewebeschnitten oder sogar ganzen Organen zu untersuchen. Mit Hilfe der Light sheet Mikroskopie wird das Gewebe oder Organ in einer Ebene mit Lasern belichtet. Nur in dieser Ebene erfolgt dann die Anregung der Floreszenzfarbstoffe, sodass über physikalisches Sektionieren des dünnen Lichtblattes einzelne Bildebenen per Softwareanlyse zu einem 3-D Bild rekonstruiert werden. Ihr merkt schon, innerhalb kurzer Zeit gelang es mir durch viel Engagement von Ola Bagato und Kathrin Müller und Eigeninitiative die Methoden zu verinnerlichen. Der Schwerpunkt der Arbeit lag auf Infektionsstudien mit SARS-CoV-2 im respiratorischen Organ des Hamsters, welcher als Modellorganismus derzeit etabliert wird. Dabei wurden Interaktionen von SARS-CoV-2 mit Zellen des innaten Immunsystems, unter anderem Makrophagen untersucht. Auch Projekte für Vorstudien der physiologischen Bedeutung von γδ T-Zellen hinsichtlich ihrer räumlichen Verteilung in Mausepithelien konnte in Immunhistochemischen Färbungen realisiert werden. Über γδ T-Zellen ist bis jetzt wenig bekannt, was sich auch trotz detaillierten Lehrbüchern wie Janeway mit nur kurzen Abschnitten über diese Zellen niederschlägt. Hier besteht also noch großer Forschungsbedarf. Bekannt ist, dass es T-Zellsubpopulationen mit dendritischer Morphologie sind, deren Eigenschaften sowohl innat als auch adaptiv sind. Sie spielen in Krankheitsbildern u.a. verschiedenen Krebsarten bis Hauterkrankungen wie Psoriasis eine Rolle. Wer mehr darüber erfahren will und sein Interesse in Imaging Methoden hat, sollte unbedingt sein Praktikum in der AG Ushakov am IMVZ absolvieren!
Ein großes Dankeschön richtet sich an Prof. Dr. Finke für die Vermittlung an die AG Ushakov, sowie Dr. Ushakov für seine anregenden Auskünfte und Diskussionen zum Thema. Außerdem danke ich vielmals PhD Studentin Ola Bagato für die detaillierte Beantwortung meiner Fragen zur Methodik und Kathrin Müller für Ihre Unterstützung sowie interessanten Fragen und Ansichten zum Thema. Ich danke unter andrem auch für die freundliche und zuvorkommende Arbeitsatmosphäre. Nicht zuletzt gilt mein Dank den Mitgliedern des Fördervereins, die dieses Praktikum mit ihrer finanziellen Unterstützung möglich gemacht haben!
Auf baldiges Wiedersehen
Sophienné Touihri
Nils Tadewaldt, Praktikum am Institut für Infektionsmedizin von Februar - April 2022
Vom Februar bis zum April 2022 hatte ich die Chance, mich im Labor für molekulare Vektor-Pathogen-Interaktionen von Frau Dr. Tews auf meine Masterarbeit mit dem Thema „Identifikation und Charakterisierung des ER-Retentionssignals im West-Nile-Virus (WNV) E-Protein“ vorzubereiten. Das WNV E-Protein befindet sich normalerweise innerhalb der infizierten Wirtszelle. Durch gezielte genetische Veränderungen versuche ich die Ursache für die Lokalisation des E-Proteins in der Wirtszelle zu stören und das Protein mittels Immunfluoreszenz sichtbar zu machen. Wie ein erfolgreiches Experiment aussehen kann, sehen Sie in den folgenden Bildern.
Für diese Chance möchte ich mich ausdrücklich bei Frau Dr. Tews und ihrer Technischen Assistentin Frau Kerstin Wink-Kruschke bedanken. Ebenso gilt mein Dank den Mitgliedern des Fördervereins, die dieses Praktikum mit ihrer finanziellen Unterstützung möglich gemacht haben.
Sean L. L. Seegert, Praktikum am Institut für Immunologie, Januar - März 2022
Für mein Humanbiologie Master Studium ist ein mindestens 2-monatiges betriebliches Praktikum vorgesehen. Dieses konnte ich bei Dr. Björn Corleis im Labor für Mukosale Immunologie und Vakzinologie, am Institut für Immunologie durchführen.
In den zwei Monaten wirkte ich an dem Projekt: „Entwicklung neuartiger Impfstoffe gegen zoonotische pulmonale Erkrankungen mit Hilfe der Venezuelan Equine Encephalitis Virus Replikon Partikel Vakzine Plattform“ mit und bekam einen Einblick in die Vakzine Entwicklung. Ziel meiner Arbeiten war die Etablierung eines Färbeprotokolls für durchflusszytometrische Messungen, sowie die Charakterisierung von Mycobakterium tuberculosis complex Antigen-spezifischen polyklonalen Antikörpern und die Bestimmung von Virus Replikon Partikel (VRP) Titern durch Infektion von BHK-21 Zellen.
Grob umfasst bestand meine Tätigkeit im praktischen Bereich aus Immunfluoreszenzfärbungen, durchflusszytometrische Messungen, Mikroskopie, Zellkultur, molekularbiologischen Arbeiten (Herstellen von mRNA), Transfektion von Zellen mit mRNA oder VRPs, Auswerten von mikroskopischen Bildern, sowie durchflusszytometrischen Daten. Der theoretische Teil des Praktikums umfasste die Teilnahme und Beteiligung an Labor-, Instituts- und Projekt-internen Meetings, in denen Fortschritte und die neuste Literatur besprochen und vorgestellt wurde. Ebenso hatte ich die Gelegenheit an einem Fortbildungskurs in „Good Scientific Practice“ teilzunehmen.
Mein Dank gilt Dr. Björn Corleis, Dr. Lucie Feneant, Fabian Stei, Laura Timm, Björn Zessin, Charlie Fricke und Jonathan Pioch für die sehr herzliche Aufnahme in die Arbeitsgruppe und hervorragende Betreuung. Die sehr angenehme und freundliche Arbeitsatmosphäre ließen die zwei Monate wie im Flug vergehen.
Dem Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts danke ich für die finanzielle Unterstützung durch Teilerstattung der Fahrkosten.
Lea Jäger, Praktikum am Institut für Infektionsmedizin, März 2022
Obwohl für den Bachelor Studiengang Biologie an der Universität Greifswald die Virologie nicht als vertiefendes Fach vorgesehen ist, habe ich dankbarer Weise einen Platz im Institut für Infektionsmedizin des FLI in Riems erhalten, um mein 5-wöchiges Berufspraktikum zu absolvieren.
In der Arbeitsgruppe um Herr Prof. Dr. Dr. habil. S. M. Bergmann (Labor für Krankheiten aquatisch lebender Tiere) konnte ich unter stetiger Begleitung seines technischen Assistenten am Tilapia-Lake-Virus arbeiten und mir viele neue Laborfertigkeiten aneignen. Das nicht nur in Asien heimische Virus befällt Tilapia und endet in vielen Fällen tödlich. Ziel der Arbeitsgruppe ist es, die mögliche Infektion der in Europa heimischen Nutz- und Wildfische durch dieses Virus zu klären. Die ersten Wochen waren daher vollkommen der RNA-Extraktion aus den gewonnenen Gewebsproben der Versuchsfische gewidmet. Die erhaltenen Extrakte wurde im Verlauf der Wochen mittels RT-qPCR getestet. Parallel versuchten wir das Virus aus Gewebsüberstand auch in Zellkulturen anzuziehen und dies, nach erfolgreicher Isolierung, durch im Mikroskop sichtbare Zellveränderungen nachzuweisen.
Nach diesen 5 Wochen in einem freundlichen und hilfsbereiten Labor, auch wenn wir zumeist nur zu zweit waren, freue ich mich darauf, im Sommer für meine Bachelorarbeit zurückkehren zu dürfen.
Praktikum für Studenten der Humanbiologie (BSc) mit der Vertiefungsrichtung Virologie - März 2022
Als Studierende des Bachelor Humanbiologie mit der Vertiefungsrichtung Virologie, hatten wir auf der Insel Riems unser zweiwöchiges Praktikum.
Nachdem sich die Fahrgemeinschaften morgens durch den Greifswalder Berufsverkehr gekämpft hatten, war es ein leichtes den Weg zum Institut zu nehmen.
Die Fahrt auf die Insel ist schon ein Erlebnis an sich, besonders am frühen Morgen, wenn der Nebel noch über der Ostsee liegt. Vor dem freundlichem Willkommen heißen und kurzen Belehrungen in der institutseigenen Bibliothek, konnten wir die ausgestellten Kunstwerke, die Teile der Geschichte und Arbeit des Institutes darstellen, bewundern. Anschließend startete auch schon der praktische Alltag. Der Weg führte uns zu Gebäude 13, dem Schulungslabor. Wenn das Wetter mitgespielt hat und man sich weit genug aus dem Fenster lehnte, konnte man sogar ein Stück Ostsee sehen.
Im Labor haben uns über den Praktikumszeitraum hinweg verschiedene Betreuer durch die einzelnen Experimente geführt. Da es sich hier um ein Labor der Stufe S2 handelt, wurden uns Kittel und Laborschuhe zur Verfügung gestellt. Kleiner Tipp: die Kittelgröße eine Nummer kleiner, die Schuhgröße ein bis zwei Nummern größer angeben.Die erste Woche startete mit Versuchen zu apathogenen Influenza-A-Viren unter Betreuung von PD Dr. Stech und Nadine. Hier erstellten wir Wachstumskurven vom H3N8-Virus mittels Plaquetest, was bei allen Gruppen ausgezeichnet funktioniert hat.
Die weiteren Versuche der ersten Woche zur reversen Genetik und RT-PCR, wurden durch Dr. Groseth, Dr. Hoenen und Anne betreut. Dabei haben wir ein Minigenom des Ebolavirus hergestellt und in Säugerzellen exprimiert. Mit den so erzeugten Ebola-Virus-trVLPs wurden verschiedene Chemikalien auf antivirale Eigenschaften getestet.
In der zweiten Woche wurden wir von Prof. Dr. Ulrich, Dr. Tews, Dr. Diederich, Dörte und Patrick betreut. So haben wir uns mit Dr. Ulrichs Steckenpferd, den Hantaviren, genauer mit der Expression, Reinigung und Charakterisierung rekombinanter Hantavirusnukleokapsidproteine beschäftigt und mittels ELISA den serologischen Nachweis von Hantavirus-spezifischen Antikörpern durchgeführt.
Aus einem Virusüberstand konnten wir mit Hilfe der RT-PCR und anschließender Gelelektrophorese samt Puzzlearbeit auf Dr. Groseths Laptop, das Nukleokapsidproteingen des Tacaribe-Virus nachweisen.
Außerdem beschäftigten wir uns mit dem Nipah-Virus: wir untersuchten die Spaltung des Fusionsproteins F und die daraus resultierende Fusion von transfizierten Säugerzellen. Hier konnten wir den Forschungsalltag live miterleben, da dieses Experiment in keiner Weise unseren Erwartungen entsprach und wir uns auf Fehlersuche begeben mussten.
Nachdem wir Pufferlösungen angesetzt, Konzentrationen errechnet, Gele gegossen und unter der Werkbank pipettiert hatten, gab es immer noch eine Mittagspause. Dafür hat es uns in die inseleigene Kantine verschlagen. Dort haben wir die Vielzahl an Mikrowellen in Beschlag genommen und uns anschließend zum Essen versammelt. Zeigten sich die ersten Sonnenstrahlen zog es uns hinaus zu den Außenbänken neben der Kantine. Dort konnte man die Mittagspause im Sonnenschein mit Meerblick genießen.
Zum Abschluss des Praktikums wurde uns auf unseren Wunsch hin eine Führung über die Insel gegeben, wobei wir unter anderem einen Blick in die S4-Labore erhaschen und die Alpakas auf der Wiese beobachten konnten.
Wir bedanken uns für das Engagement und die hervorragende Betreuung aller Beteiligten und die anteilige Übernahme der Fahrtkosten durch den Förderverein des Friedrich-Loeffler-Instituts!
PS: Falls Sie, Prof. Ulrich, sich noch das angeforderte signierte Exemplar unserer hervorragenden Western Blots an die Wand Ihres Büros hängen wollen, wissen Sie, bei wem Sie sich melden müssen. ;)